朱由檢欽定逆案，将魏忠賢最忠實的爪牙“五虎”、“五彪”全部判處斬刑，并且現場将三法司負責人鎖拿問罪，拉開了對閹黨分子總清算的序幕。
三天之内，孫承宗、袁可立和王在晉三位老臣也陸續趕到京師。此時全國各地已經掀起了一個彈劾閹黨分子的高朝，因爲魏忠賢黨羽衆多，除了五虎五彪之外，尚有“十狗”、“十孩兒”、“四十孫”等，在朝中做官的加起來至少也有二三百人。
首當其沖的是吏部尚書周應秋，此人位居“十狗”之首，居然是憑着一手烤豬蹄的好廚藝讨得魏忠賢的歡心，從微末小官直升爲左都禦史，又坐到了“吏部天官”的重要位置上，故有“煨蹄總憲”之谑稱。
周應秋在天橋親見朱由檢的雷霆手段，這時再害怕、進而提出辭官，已經來不及了。朱由檢先順勢将他免職，由孫承宗接任吏部尚書，進而将周應秋下獄，嚴查其行賄受賄等罪。
而兵部尚書一職自從崔呈秀死後一直空缺，朱由檢也順理成章地把袁可立放到了這個位置上。因爲他遍觀守邊諸臣，将孫承宗、王在晉、袁崇煥等人全算在内，沒有一個讓他滿意的。隻有袁可立，能夠巧妙地利用皮島的地理優勢牽制後金的後方，還成功策反劉興祚，可謂有勇有謀，戰略和戰術上均有獨到之處。
至于王在晉，朱由檢讓他出任戶部尚書也是經過認真考慮的。因爲王在晉深知邊事，曾出任總理戶、兵、工三部侍郎，不但對遼東敵我雙方的綜合實力有着較爲清醒的認識，也熟悉各種相關事務。雖然朱由檢對他和孫承宗的平遼方略都不大贊成，但自己拟定大計之後，讓王在晉去執行，以他的能力，絕對不會出什麽岔子。
六部按照重要性排序爲吏、戶、禮、兵、刑、工，現在六部之中已有四部換了尚書，隻有禮部尚書來宗道未換，工部尚書暫時空缺。明眼人都看得出來，崇祯皇帝刷新吏治的意圖已經非常明顯。
其實按照明代的規矩，某一部要新任命尚書，須先由閣臣、六部尚書、都察院左右都禦史及各地督撫提名，然後經商議推出一個人選，這就叫“廷推”。廷推之後，皇帝要做的隻是正式任命或是否決而已。
現在情況特殊，朝中重臣很多都是閹黨，首輔黃立極又被罷免，其餘閣臣泥菩薩過河，自身尚且難保，哪有什麽心思推舉六部尚書人選。因此孫承宗、袁可立、王在晉、喬允升這四人都相當于是未經廷推，由皇帝直接任命的，這也是朱由檢對舊秩序的一次成功挑戰。
不過朱由檢也知道，這次挑戰成功有其特殊性，除了自己以雷霆手段剪除閹黨，在朝廷中初步豎立起了權威以外，也和孫承宗等人都是老資格的官員，威望甚高有很大的關系。如果自己任命其他人，比如孫傳庭或楊嗣昌，那就會激起很大反對了。飯還是要一口一口吃，所以朱由檢也暫時到此爲止，剩下的閹黨分子去職後留下的空缺，還是由廷推方法産生。
不過對于最受矚目、掌握票拟大權的内閣，朱由檢一直不做任何表态。現在施鳳來、張瑞圖和李國普這三個閣臣處境極爲尴尬，一方面他們過去與閹黨過從甚密，現在彈劾他們的奏章已是鋪天蓋地；另一方面，朱由檢卻既不說撤換，也不扶任何一人出任首輔，讓這三人心中驚疑不定，也隻得做一天和尚撞一天鍾。
現在喪禮結束，逆案已定，朝廷也算重新回到了正軌。除了每天的早朝以外，還有一件事也要馬上恢複，那就是“日講”。尤其是孫承宗、來宗道、王在晉、袁可立等人，都是當世大儒，更主張崇祯應早開日講，以正君心、促聖德、明經通史。
朱由檢欣然同意，不過也提出了自己的要求。首先，他要求第一次日講要閣臣、六部尚書侍郎集體參加，國子監也要派出監生陪聽。其次，他特别提出，要不久前被閹黨罷去官職的徐光啓出席。
對于第一條，孫承宗等人當然非常高興，認爲此舉正體現了皇帝對日講的重視。要知道有明一朝，勤政的皇帝少，懶政的皇帝多，好學的皇帝就更是寥若晨星。
這“日講”又稱“經筵”，本應每月三次大講，每天都要小講；但自正德、嘉靖時起，皇帝多以天氣不好或是龍體欠安爲由推脫不出席。到了天啓時，這位木匠皇帝更是加起來也沒出席過十次，讓孫承宗、袁可立等帝師也無可奈何。現在崇祯一改此風，這些飽學儒士自是求之不得。
不過對于徐光啓，孫承宗等人卻頗不以爲然，因爲誰都知道徐光啓是天主教徒，這在當時可絕對是離經叛道的行爲。但皇帝提出來了，大臣們也不願因爲徐光啓一個人而影響日講盡快恢複，便奏稱徐光啓去職回鄉，他是松江人氏，去松江召他來京也需要時日，不如先行開講，等徐光啓來了再讓他出席。
朱由檢卻狡黠地一笑道：“徐光啓今日已經抵京。準備一下，明天就開講吧！”
大臣們都搞不清崇祯是怎麽把徐光啓找回來的，不過按照規矩，“經筵”應由禮部尚書來宗道主講、閣臣及其他尚書補充，徐光啓來不來也沒多大區别。因此衆臣還是各自回府精心準備，尤其是來宗道，他過去和魏忠賢關系也不差，現在居然還沒丢官，自是不免慶幸，打算明天在日講上好好表現一番，以獲取崇祯的認可。
第二天早朝結束後，朱由檢移駕文昭閣，出席登基以後的第一次日講。
文昭閣位于皇極殿前廣場東側，坐東朝西，亦是一座宏偉的建築，向爲講經之所。朱由檢從文昭閣的位置上判斷出，在曆史上，這座樓到了清朝就改名爲“體仁閣”了。不過就像三大殿皇極殿、中極殿、建極殿讓滿清改名爲太和殿、中和殿、保和殿一樣，朱由檢認爲還是原來的名字更好一些。
君臣各自落座後，來宗道自信滿滿地開講準備好的題目。今天他講的是《詩經?小雅?北山》，這也是他特意爲奉承朱由檢而挑選的。
“溥天之下，莫非王土；率土之濱，莫非王臣…”
剛講了開頭幾句，朱由檢卻笑吟吟地打斷來宗道：“且慢。你說這溥天之下莫非王土，那天下到底有多大？”