因爲與諸将早有“約法三章”，朱由檢隻賞田不賜爵的做法并未引起什麽波瀾。∽↗頂∽↗點∽↗小∽↗說，聯想到皇帝登基以來唯一封爵的武将竟是祖大壽，衆将心裏也都清楚，如果皇帝真要給誰爵位，說不定這人也就快倒黴了。當然另一方面，大多數将士均獲賞賜，戰功越多者收獲越豐，自是人人歡喜。
有賞必有罰。獲賞的将士主要是以秦兵爲骨幹的京師三大營、盧象升的天雄軍，以及一部分遼東邊軍。而即将受罰的，自然是依附朱常洵叛亂的河南省各衛所官軍了。
自從洪承疇襄陽兵變、朱常洵洛陽僭位以後，河南幾乎全省皆叛。位于開封的河南都司都指揮使、河南總兵許定國率先響應叛亂，下轄各衛所除黃河以北的彰德衛以外，也紛紛加入叛軍。
按照衛所編制，河南省的官軍統屬河南都指揮使司管轄，下轄河南衛、宣武衛、陳州衛、睢陽衛、信陽衛、南陽衛、汝州衛、弘農衛、懷慶衛、彰德衛、颍川衛等十一衛，以及若幹獨立千戶所，分布于河南各地，在冊兵力達到七萬左右。但是由于“吃空饷”相當嚴重，實際兵力隻有四萬人左右，像彰德衛定額五千六百人，實際連兩千人都不到。
唯一例外的是負責守衛洛陽的汝州衛，由于朱由崧早有叛意，又勾結白蓮教暗中控制衛所官軍，所以兵力大大超出編制。之前超編兵員的糧饷均由朱由崧暗中提供，理由也很冠冕堂皇：守衛洛陽，防止流賊再次攻城。雖然李定國攻城時被殺了一些，餘者大部逃走，但還是有将近八千叛軍來不及逃走，隻得乖乖地放下兵器當了俘虜。
對于這些俘虜，朝中大臣堅決主張殺掉。理由也很充分，這些人枉爲官軍，竟然附逆叛亂、抵抗皇帝禦駕親征，說句不好聽的話，這就是老百姓說的“吃完肉砸鍋”，實乃罪不容誅。内閣已經做出票拟，除了左良玉手下那一小部分兵力外，以謀逆罪判處汝州衛所有将官士卒死罪，隻等朱由檢朱批。
朱由檢思慮再三，卻将票拟封駁了回去，并親筆寫了很長的朱批，耐心向朝臣解釋爲什麽不能殺這些人。
第一，河南衛所官軍是受朱由崧、洪承疇等人蒙蔽，以爲皇帝已死。真正的逆賊隻是朱常洵、朱由崧、洪承疇，以及他們手下的骨幹分子，與普通士卒無幹。
第二，就算這些官軍确實有罪，但現在叛亂未平，朱常洵等主犯全部在逃，河南主戰場上還有大量的叛軍，其中相當一部分都是原來的衛所官軍。如果對汝州衛士卒大開殺戒，則會樹立一個極其惡劣的示範，其他衛所士卒必不肯再歸順朝廷。
第三，現在朝廷兵力捉襟見肘，因爲要防範滿清八旗入關報複，已經不可能從山海關、薊鎮、宣大和京師抽調更多的兵力增援中原戰場。随着叛軍向南退卻，禦營繼續追擊，官軍的後方必然空虛。隻有利用這些原本就是官軍的軍隊守住洛陽等地，禦營才可繼續進兵，否則就有被洪承疇、李自成和張獻忠等十三家、“闖王”高迎祥這三路大軍包圍殲滅的危險。
第四，朕有好生之德，叛軍亦大明之子民，不欲過多殺傷，動搖國家元氣。首惡必辦，脅從不問，能招撫者盡量招撫，平叛後方可迅速恢複民生，否則赤地千裏，即平叛亦是大敗。
這四條理由當然也很冠冕堂皇，其實與内閣票拟是各有利弊。但是皇帝一言九鼎，廷臣又遠在京師，趁着奏折反複往來的時間，朱由檢早把想做的事做了。
首先，他下旨廢除河南都司及下屬全部衛所建制。這倒是應有之義，因爲現在叛軍還在打着河南都司及各衛所的旗号與官軍對抗，廢掉他們的建制，叛軍也就不再名正言順，徹底成爲叛軍。
第二，讓西安知府楊嗣昌上疏朝廷，正式提出“四正六隅，十面張網”的剿滅流賊軍事戰略。并且不等廷臣做出反應，直接下诏肯定了楊嗣昌的戰略構想，并指出現在叛軍與流賊合流，理應一體對待。
第三，順勢下旨組建新軍。因爲要實現楊嗣昌的戰略構想，關鍵就是要由一兩名重臣督師，組建一支強大的部隊追着流賊打，這就與各司一方防務、互不統屬的衛所制度發生了沖突。這時候朱由檢打破衛所制度，組建一支全新的軍隊，就顯得比較自然。
爲了減少來自官員集團的阻力，朱由檢還特意言明，這個舉措是“權宜之法”，待叛亂和流賊徹底平定之後，則應恢複舊時的衛所建制。
這招棋是朱由檢籌謀已久的一步。如果不是朱常洵叛亂，朱由檢還不敢這麽早提出來，但是現在的局勢給了他提前破局的絕好機會。
果不其然，楊嗣昌的奏折很快在廷臣中引起熱烈反響。以東林黨爲首的官員集團對朱由檢這個皇帝一直不以爲然，但是楊嗣昌可是官員集團中的後起之秀，家學淵源，文名布滿天下，與東林黨人關系也相當融洽。東林黨自己提不出什麽好的軍事見解，見了楊嗣昌這篇奏折頓覺如獲至寶，認爲如果能把楊嗣昌拉過來，通過楊嗣昌的被重用，來進一步鞏固東林黨的勢力，就可以有效制約年輕任性的皇帝。
所以這回内閣、部院諸臣一反常态地對楊嗣昌的奏折大加追捧，并紛紛向朱由檢薦言，請求皇帝提拔重用楊嗣昌。朱由檢是正中下懷，立即下诏任命楊嗣昌爲正三品兵部侍郎，因爲陝西吃緊，仍暫領西安知府事，與陝西巡撫孫傳庭一道與高迎祥作戰。
有了這個鋪墊，新軍的組建也就順理成章了。按照朱由檢公開的說法，這支軍隊将以原河南各衛所官軍爲班底，建制上與都指揮使司平級，直屬五軍都督府。其實五軍都督府隻是個擺設，調兵的權力實在兵部，這支軍隊便交給領兵部尚書銜、總理五省四府軍務盧象升統轄。
朱由檢又給了官員集團一個面子，讓諸臣爲這支新組建的軍隊取名。群臣取的名字五花八門，但惟有楊嗣昌所拟的最合朱由檢心意：大明軍！