雖然京師與洛陽之間奏折、禦批往來不絕，拟定“大明軍”這個名号至少花了七八天時間，但實際上軍隊的組建工作從洛陽收複的第二天起就開始了。朱由檢對官員們不過是虛與委蛇，他早就下定決心，不管大臣們同意與否，這項至關重要的改革一定要進行。
當然，改革可不是上嘴唇一碰下嘴唇那麽簡單，對軍戶制的改革，可比招募本來就是農戶的秦兵複雜多了。因爲軍戶制不光是提供士兵，同時還是一整套完整的制度，其核心内容就是爲軍戶專門劃出軍田，軍戶不納田賦，同時也要自給自足。所以改革軍戶制，必須對“人”和“地”兩個方面同時改革，否則就無法進行。
所謂人無頭不走，鳥無頭不飛，既然要組建新軍，自然要先任命主将。各項具體改革措施，也要靠他們具體去做，否則朱由檢就算累死，也無法完成對全國衛所軍隊的改革。當然，朱由檢現在身在洛陽，可以手把手地教他們，也算是第一個改革試點。在這裏改革成功以後，就可以把經驗逐步推廣到全國，朱由檢也就可以放手讓下面的人去幹了。
各衛所原有的将官當然不能用，朱由檢隻能從京營的将領中提拔。但是現在戰事正緊，諸将都甯願帶着自己的部隊去殺敵立功，而不願意來洛陽接手一支素質很差的部隊。如果抽調将領過多，朱由檢又擔心被叛軍拖入持久戰，真是左右爲難。
經過慎重考慮，朱由檢決定以李定國部短暫休整後，經虎牢關、潼關入陝，與楊嗣昌、孫傳庭合兵一處，去對付他的“老朋友”高迎祥。而正面戰場主要交給盧象升和孟拱，讓他們發揮火器的絕對優勢，給戰鬥力最強的洪承疇部以持續沉重打擊。
至于東線，則交給郝永忠的騎兵部隊。因爲他本就是流賊出身，對李自成、張獻忠等人的用兵習慣了如指掌。待曹文诏的關甯鐵騎穩住南京形勢後，郝曹二将即可發揮騎兵機動靈活的優勢，對流賊中較弱的部隊進行短促的突擊。等中路的洪承疇崩潰以後，東西兩路叛軍首尾不能相顧，便可尋機發動決戰了。
這樣一來，隻有李來亨的部隊暫時沒有任務，可以作爲總預備隊使用。所以朱由檢也隻能從他手下抽調将領，經李來亨、李定國等人的推薦和通盤考慮，朱由檢決定組建大明軍第一師，任命缑明顯爲師長，李守義爲指揮使。
當然這隻是内部的稱呼，二人的官品仍按舊制，缑明顯晉爲正二品副總兵官，李守義晉爲正二品都指揮使。缑明顯主管軍事，因爲身受重傷，現正在洛陽調養，暫時不用帶兵，主要的工作都交給李守義去做。
包括李定國等将領在内，誰也不理解朱由檢爲什麽要給一支部隊安排兩位主将。尤其缑明顯和李守義這兩人都是獨當一面的将才，現在兩個人才帶一支新軍，似乎稍有浪費之嫌。
隻有朱由檢自己心裏清楚，他是在借鑒前世我軍的“政委”制度。古往今來，任何一位統治者都知道用軍隊維護自己的統治，然而恰恰是軍隊最容易發生叛亂，好像這些君主是在自掘墳墓一般。究其根本原因，就是這些君主隻知道用金錢和利益來籠絡将領和軍隊。而眼裏隻有利益的軍隊是沒有靈魂的，隻要有人出價更高，或是領軍将領意圖謀反自立，這支軍隊就必然會毫不留情地叛亂，讓君主之前所有的投資都打了水漂。從古至今，這樣的例子數不勝數。
而政委制度則是我軍借鑒了蘇聯紅軍，并結合自身特點創立的，其最突出的特點就是确立了黨對軍隊的絕對領導權。現在朱由檢又把這項制度“穿越”過來，同樣希望能把大明軍打造成一支有靈魂的部隊，讓每一個普通士卒知道是爲自己、爲家庭、爲民族、爲國家而戰，而不是爲了糧饷和功勞而戰。
這樣的軍隊永遠不會背叛民族、背叛國家，即使個别将領出了問題，也會遭到官兵的一緻抵制，無法調動軍隊爲禍。之前組建秦兵時，這個問題還不算急迫；現在要進行全**制改革了，朱由檢當然要把這項他認爲至關重要的内容加進去。不光是新軍，就算是秦兵的老部隊，以後同樣要增加“政委”這個角色，隻不過要換成“指揮使”這個易于理解的名字罷了。
朱由檢對師長和指揮使的分工做了明确規定。師長爲軍事上的主官，作戰時擁有指揮權，平時負責訓練、後勤、行政管理；指揮使爲政治上的主官，平時負責思想工作，作戰時輔助師長。一旦師長因故不能履職，則指揮使可以暫代師長行使指揮權。待建制确立後，下級建制也要設立“政委”，直至連隊。
至于大明軍的建制，這個就簡單了。有了秦兵的成功經驗，朱由檢繼續照搬現代軍隊的建制，在師以下，設團、營、連、排、班五個等級。
班至連采用三三制，每班十人，三班爲一排，三排爲一連，一個連約有百人。一個營下轄四個連及一些直屬排、班，約爲五百人。一個團下轄四個營，約爲兩千人。師下轄三個團，滿建制爲六千多人。因爲兵員素質太低，裝備又差，這個第一師是純步兵師，隻配了很少的戰馬和少量火器，近期的任務隻有兩個，一是盡快滿編，二是守衛洛陽。
爲了打響軍制改革的第一炮，朱由檢親自召見了缑明顯和李守義。缑明顯身體素質極佳，雖然受了重傷，但已能下地行走。在他們這一梯隊的将領中，缑明顯是第一個受到提拔重用的。能當上第一師的師長，自是極大的榮耀，缑明顯當然喜不自勝。盡管朱由檢讓他坐下，他卻像個火燒屁股的猴子一樣，一刻也坐不住。
相較之下，李守義就沉穩多了。他一邊靜靜地聽着朱由檢的吩咐，一邊凝神思索，有疑問之處還直接向朱由檢提出來。朱由檢也對這對搭檔寄予厚望，他們一動一靜，一急一緩，頗有點像《亮劍》裏的李雲龍和趙剛，配合好了絕對完美。
在這次接見之後，缑明顯和李守義立即奉旨前往軍中，轟轟烈烈的軍制改革就此拉開帷幕。