京師的這場官場大震動來得十分蹊跷。正月初一，郊天大禮剛剛結束，皇城警衛團指揮使燕淩就以“丁憂”爲名辭官回籍，立即獲得皇帝批準。緊接着逍遙伯周奎上奏，言自己于社稷并無尺寸之功，隻因外戚之身份獲封正一品左都督，心中頗感不安，請求免去官職，僅保留爵位。亦獲朱由檢批準。
二人的突然去職，引起了對政治一向敏感的朝臣的高度關注。周奎爲皇後之父，燕淩爲皇後之義兄，一向是皇帝的左膀右臂。二人辭官雖是主動提出，又焉知不是迫于皇帝的壓力？難道說皇後已經失寵，崇祯是要爲廢後做準備了？
正月初二，已經懷孕的梅劍經過旅途跋涉，終于回到京師，當日即被張太後懿旨封爲梅妃。因爲她隻知姓田，未有大名，張太後特賜名田秀梅。朱由檢盛排銮儀，親自至永定門外把梅妃接入宮中，感動得梅妃淚水漣漣。而皇後蕊兒始終未曾露面。
至此群臣更認定皇後寵幸新人，已經動了廢後的心思。正月初三，年還沒過完，兩道奏疏便由内閣轉呈養心殿。一道是閣臣李标所奏，言皇後端淑恭良，母儀天下，從未犯有過失，皇帝萬不可貪戀女色冷落皇後，甚至動廢後的心思。
另一道則是新任禮部右侍郎王應熊所奏，說民間尚且有“不孝有三，無後爲大”的說法，皇室宗祧更是社稷至重之事。皇後自嫁入王府起，至今已三年有餘，然一直未有身孕。爲社稷萬世永固計，懇請皇帝另立皇後。
說起來這兩道奏折都是在揣摩皇帝的心思，也都認爲朱由檢可能會廢後，但态度卻截然不同。李标是東林領袖，當年以東林黨爲首的官員集團在萬曆朝“争國本”曆盡艱險，卻最終大獲全勝，迫得皇帝不得不向大臣低頭，這也是東林黨最大的政治資本。如果崇祯又想重走他爺爺的老路，東林黨也必然會再來一次“争國本”，借以鞏固自己的地位。
而王應熊則反其道而行之。這道奏折雖然是他上的，幕後卻是周延儒與溫體仁在指使。他們這一派知道憑借自身的力量，難以與勢力龐大的東林黨鬥，所以專事媚上，企圖借用皇權打壓東林黨，最終目的是自己上位。如果皇帝确實想廢後，那他們就又順了皇帝的心意，必将更受重用。
孰料朱由檢覽奏大怒，破例立即召開朝會，令李标和王應熊出班跪倒，劈頭蓋臉罵道：“你們是用哪隻耳朵聽說朕要廢後的？皇後與朕是結發夫妻，數年來生死與共，感情之深厚不是爾等可以胡亂猜測的！更何況老百姓都知道‘糟糠之妻不下堂’的道理，難道朕會不知？爾等捕風捉影，妄議廢後，着實可恨！”
王應熊這才知道馬匹拍到了馬蹄子上，早吓得渾身體如篩糠，連連叩頭，卻連一句整話也說不出來。李标卻不肯輕信，倔強地道：“可是昨日梅妃回宮冊封，如此重要之禮，爲何不見皇後出席？逍遙伯與燕淩又爲何同時辭官？聖上如此舉措，不由臣等不猜測啊！”
朱由檢當即把臉一沉道：“李标，你昏聩！皇後病了，隆冬時節，有病不該靜養麽？至于周奎與燕淩，他們是朕之臣，并非皇後之臣。難道你們以爲你們自己有黨，皇後便也有黨麽？”
這帽子扣得可太大了，李标吓得渾身一激靈，也趕緊磕頭請罪。其實自從嘉靖朝開始，官員集團中黨争愈演愈烈，萬曆天啓年間尤甚，浙黨楚黨齊黨乃至東林黨，都是公開的秘密。但是這層窗戶紙誰也不敢捅破了，今天朱由檢一句話點出來，誰不心中惴惴？
朱由檢咆哮一通後，面色稍稍緩和道：“李标王應熊妄議廢後，本應重處。念在出于忠君之心，朕又剛剛改元，不欲劇行降罪于廷臣。着李标罰俸三月，王應熊罰俸六月，各具折請罪！”
二人趕緊唯唯而退，心中暗自慶幸沒有因此而丢官。群臣也面面相觑，暗道天威難測。尤其是周延儒和溫體仁，更是吓得滿身冷汗。
可是後面朱由檢說的話，就更讓群臣驚訝：“既然李标提到燕淩辭官，朕也正好說說此事。過去皇城内宿衛由武骧騰骧四衛負責，朕即位後，因閹黨謀逆，情由特殊，改爲皇城警衛團。現閹黨已除，朕欲恢複舊制，重建四衛。另外，京師外城擴建，五城兵馬司的職權範圍也要改一改。”
衆人這才明白，燕淩辭官和皇後并無關系，而是皇帝要重整京師衛戍格局了。而且朱由檢早準備好了方案：
一皇城警衛團一分爲四，仍按舊制命名。但職責有所調整，武骧左衛負責皇城内紫禁城外東半邊防務，武骧右衛負責西半邊。大小官員進皇城，一律從東安門進西安門出，通行時要接受檢查，不得攜帶任何武器。至于承天門和地安門，則由兩衛共同把守，非重大典儀不開。
二紫禁城内宿衛，南半邊由騰骧左衛負責，包括午門東華門西華門及遷至宮中的六部衙門。而乾清門以北，包括召開朝會的乾清宮以及所有後宮及神武門，全由騰骧右衛負責。
三這四衛定員各一千一百二十人，相當于一個标準的千戶所。但長官不再是指揮使，而是降格爲千戶。但騰骧右衛不設千戶，十名百戶由皇帝直接統轄。還有一個重要的變化，那就是四衛所有兵員，不再像過去那樣從小當到老，然後由子孫世襲，而是改爲從全國所有邊軍衛所軍及“新軍”中擇優選拔，入選時年齡不能超過二十歲，最多服役兩年，便會調出四衛。武骧二衛及騰骧左衛的千戶，以及騰骧右衛的百戶由皇帝直接任命，隻服從于皇命，不聽其他任何官員調遣，同樣最多任職兩年。
皇城之内即是皇帝家事，宿衛安排向由皇帝獨斷，群臣倒是沒有插嘴的資格。當然也有腦筋轉得快的大臣，對朱由檢的安排不禁暗贊：此舉既确保了宿衛軍隊完全掌握在皇帝一人手中，還提高了宿衛軍的戰鬥力。更重要的是，兩年一輪換制度，讓宿衛軍隊來不及互相熟悉，“變生肘腋”這種事，就很難發生了！