如果說調整皇城四衛還是皇帝的家事，那麽朱由檢對五城兵馬司的調整，則是對京師防務的一次重大改革。[燃^文^書庫][]
首先，就連“五城兵馬司”這個名稱都給改了，改成了“九門兵馬司”。具體就是以内城九門爲名，比如“正陽門兵馬司”，就管轄以正陽門爲中心，北至皇城，南至外城永定門的區域，其他八門以此類推。
第二，過去的五城兵馬司名義上先歸兵部管轄，後歸都察院，但實際上各司指揮使都是由勳臣擔任，士卒也全是軍戶世襲。現在朱由檢卻規定：各司士兵定員與皇城四衛一樣，均爲一千一百二十人，全部從京師保衛戰時組織起來的預備役中選拔。至于原來的五城兵馬司士卒和預備役士卒，擇優轉爲正式軍戶，其餘恢複爲民，并由朝廷安排生業。九門兵馬司士卒服役三年，期滿後亦如此轉換身份。從此預備役亦成爲定例，每年都要在京師百姓中征召。
至于統屬，改動就更大了。朱由檢規定九門兵馬司即不歸兵部、也不歸都察院管轄，而是每司由一名閣臣和一名勳臣共同掌管。二人各執一枚印信的左右兩半，在本轄區之内的正常調動，須由二人合印方可生效；如果是全城範圍内的調動，則必須奉诏而行。
第三，九門兵馬司隻配冷兵器，職責僅爲維持轄區内治安，内、外城的城防則仍由京營負責。
對具體負責城防的京營，朱由檢亦做出重新部署。原來京營分爲五軍營、三千營、神機營三大營，分别對應步軍、馬軍和火器部隊。現在三大營建制予以保留，但主力遷出城外，部署于京師四周數十裏處；另立青龍、白虎、朱雀、玄武四營，每營定員一千五百人，其實是按照新建的大明軍三個營的編制來的。這四營各領内外城一面城牆的防務，馬步軍及各種火器一應俱全，戰鬥力相當強悍；各營将領官職均爲正五品守備，官品不高，但均由皇帝直接任命，僅對皇帝負責，其他任何官員無權指揮。
經過這樣一番改革，京師形成了皇城四衛、九門兵馬司、京師四營内外三道防線。其中京師四營僅負責守城作戰，九門兵馬司僅負責城内治安，皇城四衛僅負責保衛皇城，職責分明，互不統屬又互相制約。任何人若想擁兵作亂，永遠隻是少數，不可能取得成功。而若想合謀造反，因爲牽涉到的人太多，又難以保守秘密。而且大多數領兵将領的任免完全由皇帝掌握，朱由檢必然選拔對自己足夠忠心之人，即使真的個别人造反也不用怕。
但是朱由檢也給大臣們留了個面子，那就是九門兵馬司的指揮權歸閣臣和勳臣掌管。它的前身五城兵馬司初設時，街區凡有水火盜賊及人家細故之或須聞之官者，皆可一呼即應，救火、巡夜，清廉爲政，不取分文。但是到後來日久弊生，始而捕盜，繼而諱盜，終且取資于盜，同盜合污。因此過去的兵馬司指揮使是一個大肥缺，每年至少有十萬兩銀子的進項。現在京師規模比過去更大，人口更多，經濟更發達，如果仍按過去那樣運作，利益就更大了，因此不管是誰，都想從中分一杯羹。
廷議的結果，除首輔韓爌及吏部尚書孫承宗年事已高，戶部尚書畢自嚴和工部尚書徐光啓公事太過繁忙，未兼領兵馬司外，閣臣李标、錢龍錫、劉鴻訓、何如寵、吳宗達、鄭以偉、周延儒、新任禮部尚書文震孟和刑部尚書喬允升各領一司。溫體仁由于是最後入閣，排到他這正好沒有名額了，也隻好暗氣暗憋。
至于勳臣，則由廷臣公推産生，不外是在京的公侯伯爵。除了英國公張惟賢固辭不受外，其他各勳臣都在暗中使勁，争取能當上指揮使，甚至有人爲此行賄。又過了兩天，經過激烈的讨價還價，總算廷推出了各方都認可的名單，朱由檢倒也說話算數，立即禦批生效。
其中分配到正陽門兵馬司的是閣臣劉鴻訓和惠安伯張慶臻。這兩人本來關系就不錯，張慶臻能當上指揮使，劉鴻訓做了不少工作，張慶臻對劉鴻訓自是感恩戴德。
聖旨一下，張慶臻立即赴任。他當閑散勳臣太久了，十分想體會一下大權在握的滋味，交接完畢後，立即騎着高頭大馬在轄區招搖過市，前呼後擁好不威風。
可是剛走到正陽門外三十步，早有新建的朱雀營士卒攔住道：“正陽門南北三十步以内，是朱雀營的防區。守備大人有令，不論是官是民，到此一律下馬。”
張慶臻威風還沒抖夠，當着這麽多百姓被士卒攔下，頓覺十分沒面子，把眼一瞪勃然大怒道：“瞎了你的狗眼，連本伯也不認識？”
跟着張慶臻一起出行的伯爵府家丁也幫腔道：“我們老爺是惠安伯，剛剛欽封的正陽門兵馬司指揮使，正陽門内外正該我們老爺管轄！你們的頭頭是守備，才是正五品武職，我們老爺可是伯爵，比正一品還高！快叫你們那鳥守備出來跪迎，否則讓你們吃不了兜着走！”
南來北往的老百姓見兩撥官兵掐了起來，都聚攏過來看熱鬧。這時朱雀營守備鄭齊心匆匆趕到，他也是秦兵出身，因爲在京師保衛戰中表現優異，剛被朱由檢下诏任命爲京師四營之一的朱雀營守備。他趕緊上前對張慶臻深施一禮道：“末将朱雀營守備鄭齊心，見過惠安伯！”
張慶臻一見鄭齊心隻有二十歲左右，說話還帶着點陝西口音，越發瞧不起，指着鄭齊心的鼻子道：“鄭守備，你官威不小哇！不過你别忘了，本伯也是萬歲欽命，正陽門内外均是本伯轄區，你憑什麽讓本伯在轄區内下馬？”
本來鄭齊心并不想跟張慶臻起沖突，可見他如此蠻橫無禮，年輕人畢竟火氣盛，當即高聲答道：“聖上的旨意寫得明明白白，正陽門内外三十步是朱雀營轄區，任何人到此均需下馬，末将隻是奉旨行事。惠安伯如覺不妥，盡可奏明聖上，重劃轄區，但今天您如不下馬，末将卻不敢放您過去！”