朱由檢之所以信任熊汝霖，可能還要從熊汝霖恩科最後一場的策論說起。彼時談論起國家大事，幾乎所有考生都把注意力集中在遼東建虜，或是流賊身上。

惟有熊汝霖觀點獨特，認爲東南海疆防禦薄弱，是大明的心腹大患，其危害甚至可能超過建虜。他還特意在試卷中提到，有些海盜表面上接受招撫，實則仍然我行我素，朝廷不可不早圖之。雖未提名道姓，朱由檢自然知道他說的就是鄭芝龍。

所以在熊汝霖到南安赴任之際，朱由檢也用密诏對他交了實底。那時候鄭芝龍還未與叛軍勾結，但朱由檢已經下定決心，要鏟除這股最大的海盜勢力。但鄭芝龍尚未公開反叛，朝廷四處用兵，也确實沒有餘力，所以朱由檢叮囑熊汝霖，要在鄭芝龍的家鄉南安縣密切關注鄭芝龍的動向，設法削弱他在大陸的勢力。

熊汝霖接诏之後喜憂參半。喜的是，皇帝雖然年輕，卻是高瞻遠矚，不但非常重視東南海疆，還認清了鄭芝龍的真面目。此時的朝廷，從上到下沒有一個官員主張打擊鄭芝龍，所以從某種意義上來說，皇帝是采納了熊汝霖策論中的意見。這就叫知遇之恩，熊汝霖怎能不感激涕零？

而憂的是，南安與同安完全不同。在同安縣，他可以僅憑幾個錦衣衛就扳倒當地勢力，因爲當地勢力就是再大，也不敢與朝廷對抗。可南安縣就不同了，鄭氏一族已經在當地經營多年，除去鄭氏本身外，南安縣的很多人也受到鄭芝龍誘惑，跟着他出海當海盜去了。其時福建海防形同虛設，這些人來去自如，官府要麽根本不知道這些人的現況，要麽即使知道也不想管。

也就是說，這些人是根本不服朝廷管束的。如果熊汝霖仍然隻憑一己之力對付鄭芝龍，輕了無人理睬，重了的話，比如又用錦衣衛逮捕鄭芝龍的黨羽，那說不定這些海盜就會公然劫牢反獄。錦衣衛就是能耐再大，畢竟人數太少，寡不敵衆，後果不堪設想，更糟的是還會刺激鄭芝龍，與皇帝暗中制約的思路不符。

所以熊汝霖經過深思熟慮後，決定先組建一支完全聽命于自己的力量，也就是民團。之所以不用衛所軍或是衙役，是因爲這些人本身就不幹淨。尤其是南安縣的衙役，熊汝霖還在同安縣時就聽說過，他們收了走私船主的好處，不但對走私偷渡等行爲視若無睹，還會在府縣應付差事的巡視之前，給走私船主通風報信，結果自然是一無所獲。

因此民團成立起來以後，熊汝霖做的第一件事，就是整肅衙役隊伍。他的手段說起來非常簡單：讓民團團勇偷偷跟着衙役，看看他吃的什麽、用的什麽，家裏要花多少銀子，然後把衙役叫到二堂對質：你一個月的薪水才有多少，怎能花錢如此大手大腳？那些銀子都是從哪來的？

這些衙役平時作威作福慣了，怎麽也沒想到新來的知縣大老爺剛一上任，就查到他們頭上！有人便想抵賴，說這是祖産。熊汝霖倒也不刑訊迫供，隻是對每個有問題的衙役都單獨審訊，吓唬他說：如實招供者，隻要數額不大且積極退贓，本老爺便不深究。如果拒不承認，也沒有用，因爲某某人可已經都招了。你若不招，也隻是爲他人頂缸而已。本來頂多隻是打二十闆子的事，你非要挺到死罪，那也随你。

這些衙役久在公門，自然知道此中利害。知縣老爺懂斷案的不多，一般都是刑名師爺代勞。這師爺和下面的龌龊事，那就不可勝數了。但看這位新任知縣的架勢，錢糧、刑名師爺，一概不用，審案全是親力親爲，想通融也通融不了。

這些衙役雖然沒少和案子打交道，但多是文盲，真正的律法條文，他們怎麽也摳不過讀書人啊。意欲撒潑耍賴死不認賬，那些民團的泥腿子們卻在一旁怒目而視，看樣子隻要知縣一聲令下，就得把他們打個半死。沒奈何，隻得招認。

這就如同一座并不堅固的堤壩，隻要有一個招的，就像堤壩出了一個小小的潰口，很快就會全線崩潰。這些衙役爲了減輕自己的罪責而互相攀咬，最後全縣衙六十多個衙役，竟然沒有一人不受走私船主賄賂。而這些船主的後台，毫無疑問就是鄭芝龍。

熊汝霖當然知道這一切都和鄭芝龍有關，但假作不知，隻把矛頭指向那些走私船的船主。那些衙役招供以後，熊汝霖把他們全關在縣衙大牢之中，對外封鎖消息，隻提出幾個熟知走私船出沒規律的，讓他們引着民團在海灘上埋伏。

結果這個伏擊戰打得異常漂亮，到了半夜，來了八艘二百料的武裝商船，船上的幾十名水手雖然都有鳥铳等武器，但誰也沒想到在鄭芝龍的老家，這個走私了多少年的地方還會出問題，因此都毫無警惕地下船交易。

與他們交易的則是南安縣的走私商人，他們同樣對熊汝霖抓捕衙役的事一無所知，趕着滿載貨物和銀兩的馬車前來接頭。結果五百團勇鼓噪而出，水手和商人們猝不及防，全被當場擒住。所有貨物和銀兩均被視爲贓銀而扣押，但最大的收獲，還是那八艘武裝商船，和幾十條鳥铳。因爲朱由檢在密诏中早有安排，知道熊汝霖根本沒有家底，便許南安縣凡是查獲走私船隻和武器，可先自行使用。

這樣一來，熊汝霖的民團初戰告捷之後，便有了戰船和武器，已經是一股不可忽視的力量了！

至于那些走私商人，到現在還沒搞清楚狀況。因爲鄭芝龍在名義上還是福建水師總兵，他們便趕緊把鄭芝龍擡了出來，希望用鄭芝龍的名頭把熊汝霖吓唬住，然後大事化小，出點銀子也就完了。

不想熊汝霖冷笑一聲道：“爾等刁民，十分大膽！朝廷已開海禁，不是不讓爾等出海，因何不在官府登記？不就是爲了逃避稅銀麽？單是走私也就罷了，還敢誣陷鄭總兵大人！來呀，每人重責二十，看他們還敢不敢胡言亂語！”