設立市舶所，是朱由檢和熊汝霖早就規劃好的一步棋。當熊汝霖以飛鴿傳書急奏京師後，因爲不涉及祖制等麻煩問題，朱由檢又向溫體仁等人暗示過，“溫黨”閣臣加上中間派閣臣，以及黃宗羲等中書舍人均對熊汝霖的想法表示支持。
而東林黨人這時候仍把全部精力都集中在“督師不力”的周延儒身上，對東南沿海一個偏遠小縣的事情，并無多大興趣。所以很快内閣便出了票拟，同意在南安縣設立市舶所。朱由檢立即批紅生效，心中自是大喜：這可是個重要的“判例”，以後也可以成爲“舊制”了。
得到朝廷的批準以後，南安市舶所立即開始運作了。辦公地點很簡陋，就是在南安最大的河流晉江入海口處搭了個簡易棚子，因爲很多商船都是從晉江中啓航。
不過，别看辦公地點簡陋，市舶所的權力卻不小。此前雖有三大市舶司，但朝廷對每個市舶司的運作并未做統一規定，各市舶司都是各行其是。這就給了南安市舶所足夠的空間，朱由檢把這裏做爲試點，推出了與其他市舶司并不相同的政策。
市舶所的基本規則很簡單：凡是南安縣境内百姓，欲出海打漁或是貿易者，必須以船隻爲單位，在市舶所注冊登記。隻有注冊過、有市舶所頒發牌照的船隻，才允許出海，否則一律不準出海，抓到了就以走私論處，船即沒收，人即收監定罪。至于南安縣境外的船隻，也可以在市舶所注冊登記，隻要來了南安縣，與南安本縣的船隻待遇相同。
依規注冊的船隻，則分爲漁船和商船兩種，頒發不同的牌照。漁船禁止從事貿易，但相應地，收取的稅銀也很少，每月僅象征性地收取一兩銀子。隻要漁民夠勤快，天天出海打漁，這個生意是穩賺不賠的。
至于商船，則根據船隻的載貨量分爲兩檔。二百料以上的船隻，每船收取稅銀一百五十兩，或所載貨物三十取一，從其較少者爲征。二百料以下船隻，每船收取稅銀一百兩，或所載貨物四十取一，從其較少者爲征。不論出口進口，稅率标準統一。
這個稅率标準，是朱由檢和熊汝霖經過反複探讨後暫定的。在朱由檢看來，這個稅率實在不高。不但比三大市舶司的稅率低很多，即使是和現代社會比，各國關稅的平均水平也大大高于這一标準。而且不論何種貨物，一律按一個稅率計征，也過于簡陋了點。
但熊汝霖認爲，民間走私成風，根本沒有交稅的習慣。如果稅率上來就定得很高，則不利于促使百姓依規通過市舶所進行貿易。如果把稅率先定低點，給貿易者增加的成本小一點，市舶所就容易被接受。待大部分對外貿易都納入市舶所管理以後，再根據實際情況調整稅率，事情就比較好辦了。包括各類貨物的稅率細則，那時再慢慢制定也不遲。另外，市舶所的工作人員也需要一個熟悉工作的過程，單一稅率有助于他們盡快上手。
反過來說，如果市舶所定了這麽低的稅率，你還去走私的話，那可就是敬酒不吃吃罰酒，到時候就别怪朝廷不客氣了。
朱由檢認真考慮了熊汝霖的建議，覺得熊汝霖的思路非常好，那就是讓守法的收益盡可能大，違法的成本盡可能高，這樣就能培養人人守法的良好風氣。看來不光是對外貿易法規，以後對《大明律》的修訂，也應該遵循這一原則。
市舶所開始辦公以後，南安縣的漁船注冊，倒還比較順利。因爲市舶所不是隻向漁民收錢，還提供一系列服務。别的不說，單是晝夜巡邏防備海盜這一條，每月一兩銀子就很值了。熊汝霖還許諾，将盡快在晉江南安外海的狐狸尾島上修建一座燈塔，爲往來船隻指引方向。有了燈塔，航行就安全多了。
尤其值得一提的是，漁民中有相當一部分是蛋民。蛋民屬于“賤籍”，不在四民之列，一直受盡歧視。在福建方言中，把蛋民成爲“曲蹄”，這是一種侮辱性的稱呼，諷刺蛋民整日在船上光着腳。
不僅是這種語言上的侮辱，蛋民沒有土地，沒有房屋，不許讀書識字，不得與陸上百姓通婚，隻能以船爲家，而且受到極重的盤剝。
此前張煌言和鄭森在出使南洋的途中，曾經在廣東海澄縣招募了一些蛋民并脫籍入軍，還鼓勵蛋民多出海捕魚，加工腌魚肉，增加一項生計。不過，那還隻能算是臨時性的措施。
這次熊汝霖依照朱由檢的囑咐，在設立市舶所的同時，也在探索讓蛋民重獲新生、融入社會的方法。南安外海有不少無人海島，熊汝霖因地制宜，宣布隻要蛋民的漁船在市舶所注冊登記，對他征稅的标準便與其他漁民完全相同，任何人不得再行盤剝；更允許他一家在海島上劃一片地，興建房屋，把家安在那裏。
這個政策對蛋民可是太有吸引力了，誰願意過居無定所的生活呢？過去蛋民見了官府的人，第一反應便是逃跑；這次卻反了過來，南安縣幾乎所有蛋民都來登記，兩三天的時間就注冊了一百多艘漁船。
其實對熊汝霖來說，此舉是一舉兩得。既把爲數不少的蛋民納入了市舶所的管理，也相當于不費一兵一卒就駐守了海上星羅棋布的小島。要知道這些無人海島，本來是走私船和海盜的天然駐足之所。現在蛋民既然以這些小島爲家了，自會努力經營。走私船和海盜再去騷擾，這些蛋民也不會同意。
當然，這項政策還隻是第一步，讓蛋民融入社會乃至脫去賤籍，還需要相當長的時間。不過，至少蛋民的收入可以先多起來，錢多了，受的歧視自然就少了。商人不就是很好的例子麽？
與漁船注冊的熱火朝天相比，商船注冊卻遭遇冷場。市舶司設立五天了，居然一艘注冊的商船都沒有！