徐福的事迹，最早見于《史記》的“秦始皇本紀”和“淮南衡山列傳”（在秦始皇本紀中稱“徐巿”，在淮南衡山列傳中稱“徐福”）。

《三國志》“吳書?吳主權傳”、《後漢書》“東夷列傳”也有提及徐福東渡之事。

到了五代的後周時，濟州開元寺僧人義楚在《義楚六帖》（又稱《釋氏六帖》）的卷二十一“國城州市部”的“城廓?日本”中，首次明确提到徐福最終到達的是日本（也叫倭國），今日的秦氏（日本古代渡來豪族）爲其後代，仍自稱秦人。并說徐福到達後，将富士山稱爲蓬萊。此爲目前所知最早明确指出徐福滞留不歸之地是日本的中國文獻。不過有觀點認爲，義楚的記載很可能和日本的傳說有關。因爲義楚有一個日本醍醐天皇時代的僧人好友叫寬輔（法号弘順大師，927年到達中國），義楚沒有到過日本，關于富士山的記載很顯然來自他的日本好友的說法。然而，就是這樣一則不經意的談話記錄，卻成了以後徐福東渡到達日本的依據，傳承授受，一直沿襲到了至今。

記載宋代歐陽修的《日本刀歌》明确指明徐福所滞留的地方就是日本，并且認爲徐福東渡時攜帶了大量的典籍，才使得在中國遭秦始皇焚書坑儒的典籍在日本得以保留。但是這種說法的真實性難以考證。1339年日本南朝大臣北畠親房所著《神皇正統記》将此事作爲信史記錄，稱“孔子全經唯存日本矣”。

日本最早出現的徐福東渡到日本的記錄是1339年日本南朝大臣北畠親房所著的《神皇正統記》。而成書于8世紀的日本典籍《古事記》和《日本書紀》隻提到了秦朝人移民到日本的情況，沒有徐福東渡的記載。有觀點認爲這是因爲中國8世紀時尚未明确提出徐福東渡所到之地就是日本。

日本人認爲徐福在日本的紀州熊野的新宮（今和歌山縣新宮市）登陸，當地還有徐福墓和徐福神社，每年日是祭祀徐福的日子。在日本徐福的傳說中，日本人認爲徐福帶來了童男童女、百工、谷種、農具、藥物及生産技術和醫術，對日本發展起了重要作用，因此尊徐福爲“司農耕神”和“司藥神”。

按當前的資料來推測，徐福很有可能是部分日本人的祖先，換句話說，某些日本人也是有漢人血統的。不過經過這麽多年，估計血統已經很稀薄了。不過不少日本人對于徐福是其祖先還是比較認同的。可以說，徐福是溝通中日關系的一個突破點吧。