方略定下後，内政之事劉備全部委托給孫嵩等州官及地方各郡守，自己主要抓軍隊整編訓練。現在青州上下兵馬數萬，北、西、南與三個勢力接壤，東邊還要防備海寇，而境内盜賊則大幅減少，有必要編練方面集團以應對局面。
劉備軍目前兵力如下：
一、關羽的揚武軍轄朱樟、吳福和應舉三部，計三千三百人。原歸屬揚武軍的厲鋒校尉陳祿調出，駐守臨邑，與駐守茌平的忠節校尉肖建共同防備駐守東阿的棗祗和朱靈，屬于劉曹邊境的北線。原歸屬揚武軍的建義校尉左黑虎全軍被殲，已經撤編。揚武軍三部暫于臨淄休整。
二、張飛的振威軍轄謝榮、謝安、杜仲三部，計三千三百人，與田楷共同駐守高唐，防備袁譚。原歸屬張飛麾下的忠義校尉李器駐守平原國之西平昌。杜仲原爲公孫瓒撥給劉備的幽州精兵，數有戰功，曾斬殺徐和，漸漸脫穎而出，陳恺去職，杜仲升爲軍司馬，掌原蕩寇校尉部。
三、趙雲的折沖軍轄嚴朗、章進、祖歆部，計三千三百人。嚴朗領原趙雲的骁武部，以騎兵爲主；章進繼續領其舊部，該部曾由王虎暫領，在與曹操一戰中戰損一半，後雖然補齊，仍舊傷筋動骨；孫符的弓兵部補充完畢，由軍司馬祖歆統領。
四、原歸屬折沖軍的管亥部爲程昱、朱靈所破，管亥被降職，補充編制後肖建被委任爲忠節校尉，劃出折沖軍，駐守茌平，受厲鋒校尉陳祿節制。陳祿、肖建兩部共守劉曹北部邊境，計兩千二百人。
五、呂虔的讨逆軍轄呂敬、蘇茲、徐盛三部，計三千三百人。呂敬是呂虔的族弟，所領士卒半數爲呂虔族人。蘇茲是劉備渡河南下前的元從舊将，原是關羽軍一曲軍侯，簡拔爲軍司馬，領一部。宣義校尉衛靓養傷，其部補充完畢後，以徐盛爲軍司馬暫領之，劃入呂虔之讨逆軍，駐守甯陽縣東之龍山營。
又興業校尉巢集領本部及軍司馬楊谷、施允兩部守瑕丘，安民校尉張圭領本部及軍司馬常淮、潘越兩部守剛縣，計六千七百多人，也歸呂虔節制。
六、蔣欽部守須昌，周泰部守章縣，由蔣欽節制，計兩千二百人。
七、奉義校尉高甲、秉義校尉司馬俱、軍司馬留孝、軍司馬馮蘆、軍司馬蔣益、歸義校尉公孫犢六部，計五千六百人，在臨淄休整。
八、殄寇校尉劉政、軍司馬程博、班尉、石泰四部，計四千五百人，駐守東萊諸縣。
九、立義校尉谷永一部一千多人，駐樂安。忠義校尉李器一部一千多人，駐平原西平昌。
十、鎮軍中郎将田豫轄錢義、葉獻、陶俊、周密、鄭樸、馬紹爲六部，計六千七百多人，駐守北海。
十一、撫軍中郎将沐并麾下十部，駐守齊國。
十二、劉備直領的武衛軍一曲、摧鋒軍兩部、陷陣軍兩部，計五千多人。
以上劉備軍已有六萬多人，對殘破調零、百廢待興的青州是個極大的負擔。經過苦心思索，又與各級将領多次座談，劉備終于确定了整軍方案。
首先是實行精兵政策。
這輪精簡軍隊屬于全軍性質，由劉備親自主持，沐并具體操辦，将老弱傷病一體裁撤，有功的考察品格後入民間擔任亭長、鄉老、求盜等基層官員，無功的發放遣散費令其回鄉，無家可歸者組織開荒屯田。由于整編采取公開透明、公平篩選，衆武将雖然不情不願，但看劉備一視同仁，也沒有什麽可抱怨了。這輪精簡進行的比以前更加徹底，最後六萬軍隊削減至兩萬多戰兵，編爲九軍。
摧鋒、陷陣二軍本是精中選精，這次基本未動，仍舊是四部，四千五百人。
除了揚武、振威、折沖、讨逆四軍外，又新設射聲、殄寇、征虜三軍。揚武軍關羽麾下朱樟、應舉；振威軍張飛麾下謝安、謝榮；折沖軍趙雲麾下嚴朗、劉福，其中嚴朗所部全部爲騎兵，戰馬不足，暫以馱馬代替，劉福騎術過人，但暫時統領步卒；讨逆軍呂虔麾下徐盛、呂敬。射聲軍太史慈，麾下祖歆、高甲，祖歆所部就是原孫符弓兵部，高甲所部也是整編的刀弓手。殄寇軍劉政，麾下錢義、班尉。征虜軍牽招，麾下蔣欽、周泰。
牽招的北海長史乃是過渡，目的是讓他熟悉一下青州軍政，一旦調整好心态，熟悉了情況，劉備還是用他的軍事之長。田豫也是一方軍事主官人選，但地方政事暫時離不開他。
以上九軍均爲兩部四曲編制，每軍兩千二百人，計兩萬多人。
其他如厲鋒校尉陳祿、忠義校尉李器、恭義校尉章進、輔義校尉吳福、立義校尉谷永、秉義校尉司馬俱、歸義校尉公孫犢、忠節校尉肖建、興業校尉巢集、安民校尉張圭以及軍司馬杜仲、蘇茲、程博、楊谷、施允、常淮、潘越、留孝、馮蘆、蔣益、程博、石泰共二十一部，兩萬三千多人，轉爲地方守衛軍隊，并兼屯田。
田豫、沐并所募軍隊十五部共一萬六千多人，全部轉爲屯田兵，專職屯田。加上張式的三曲屯田兵、沐并的十曲屯田兵，專職屯田的部隊達到兩萬四千人。
其次是明确作戰任務和區域。
張飛振威軍負責北線，假想敵爲袁紹，駐地高唐，一旦發生外部戰事，平原、濟南、樂安各郡縣地方駐守軍隊受其指揮。
趙雲折沖軍負責南線，假想敵爲陶謙、臧霸，駐地高密，一旦發生戰事，北海、齊國各地駐軍受其節制。
關羽揚武軍負責西線，假想敵曹操，駐地章縣，一旦發生戰事，濟北、東平、泰山各地駐軍受其節制。
呂虔讨逆軍負責西南，假想敵陶謙、臧霸，仍駐龍山，任務是蠶食魯國。
劉政殄寇軍負責東線，假想敵公孫度及海賊，駐地黃縣，一旦發生戰事，東萊諸縣守兵受其節制。
太史慈射聲軍、牽招征虜軍與摧鋒軍、陷陣軍駐臨菑，作爲機動力量，直接歸屬劉備指揮。
劉備全部軍隊呈現梯隊形式：中央軍近萬人、方面軍一萬人、地方軍兩萬人、屯田兵兩萬人，合計近七萬人。層次鮮明，指揮通暢，戰力大增。
這輪整編曆時兩個月時間才得以完成，時間已經到了初平三年（公元一九二年）的十一月。這個冬天可以說是李傕等西涼軍的春天。首先是十月份荊州刺史劉表派使者至長安朝貢，共秉朝政的車騎将軍李傕、後将軍郭汜、右将軍樊稠大喜，以劉表爲鎮南将軍、荊州牧，封成武侯。
然後是兖州刺史曹操派使者經河内太守張楊處至長安，向李傕等緻以殷勤，李傕遂追認曹操兖州刺史的名份，命其讨伐陶謙以自效。
最後是袁術與陶謙反目成仇，李傕等派使者見袁術，袁術表達了對朝廷的恭順之意，李傕等遂以袁術爲左将軍，封陽翟侯，假節，命其讨伐陶謙。
陶謙大怒，邀劉備共興兵讨賊，誅李傕、清君側。劉備不答。陶謙遂率五萬大軍進攻豫州，取汝南郡數縣。豫州刺史郭貢先向曹操借兵，又向朗陵李通、陳王劉寵借兵，與汝南太守徐璆合兵，衆至三萬人，與陶謙對峙于新陽。曹操所派将領樂進陷陣，擊殺陶謙帳下猛将陶英，郭貢、徐璆大軍乘勢進攻，遂破陶謙。陶謙敗走，在相縣再戰，又敗，狼狽逃入彭城，沛國地盤盡失。
郭貢以奉天子之命征讨不臣之名，發檄文聲讨陶謙，聲言将率十萬大軍攻擊徐州。陶謙大懼。
徐州治中東海人王朗及别駕琅邪人趙昱勸陶謙派使者向朝廷進貢，摘去逆臣惡名，避免被動。陶謙于是派趙昱奉章至長安。李傕見陶謙服軟，也不爲己甚，請天子下诏拜陶謙徐州牧，加安東将軍，封溧陽侯；又任命趙昱爲廣陵太守，王朗爲會稽太守。廣陵屬徐州，這一任命無甚出奇處。會稽郡卻屬于揚州。李傕這一舉動明顯是在離間陶謙和袁術，這兩人越不合，對朝廷越有利。