二戰末期，爲了抵禦美國空軍強大的攻勢，挽救失敗的命運，日本海軍中将大西泷治郎提出建立特别攻擊隊，對進攻日本本土的美國艦艇編隊及固定的集群目标實施自殺式襲擊，大西泷治郎爲這支特殊的部隊命名爲“神風”。“神風”曾經給日本帶來過兩次有如神助般的勝利，當時他們面對的敵人是一度橫掃歐亞大陸的蒙古元軍。原本敵強我弱的形式下，“神風”兩次爲日本帶來了狂風暴雨，不僅幫助他們趕走了遠道而來的元軍，也吹得日本人有些飄飄然了。
1260年，一代天驕成吉思汗之孫忽必烈在開平（今内蒙古正藍旗東）稱蒙古大汗，建年号爲“中統”。1271年，取《易經》中“大哉乾元”之意改國号爲元。就在忽必烈成爲大元皇帝的三年前，他便命使者攜國書赴日，要求日本效法高麗來中國“通好”，但是被鐮倉幕府以“書辭無理”爲由拒絕，此後，忽必烈又兩次遣使要求日本稱臣朝貢，并以武力相威脅，同樣遭鐮倉幕府拒絕。
爲了防止元朝偷襲，幕府執權北條時宗令大宰府備戰，加強了九州沿海各地的警備。與此同時，鐮倉幕府還組織了大規模的祈禱活動，以此來應對這場危機，爲此還推遲或取消了很多慶典活動。
在第一次遣使“通好”被拒後，忽必烈就萌生了對日本發動戰争的念頭，但由于戰争物資不足，忽必烈不得不在征發民夫、建造戰船上花費大量時間。直到1274年，忽必烈才發起了第一次征日之戰。這年10月，由1.5萬名蒙古人和漢人士兵以及8000高麗武士組成的大軍，乘坐300艘大型戰船和400～500艘小型戰船開征日本。這支部隊輕易地占領了對馬島和壹岐島，并于11月19日在位于古老的九州首府太宰府附近的博多灣登陸。
此時，雖然日軍騎兵已在此布陣，但是并沒有趁元軍登陸半途進行攻擊，而是于次日淩晨在元軍登陸完畢并整頓好隊形後，這才按日本當時對戰的習慣，由主攻部隊放“鳴镝”示意開戰。當日本騎兵按照慣例由一名騎兵沖擊，後面大隊跟進掩殺至元軍陣前時，元軍突然鼓聲大作，殺聲震天，加之當時世界上最爲先進的火炮的轟鳴，使得日軍驚恐萬分，兩軍剛一接觸，日本軍隊便死傷慘重，伏屍如麻。
與日軍激戰一天後，至20日傍晚，元軍已相繼占領博多灣箱崎等地，并全線追擊潰退的日本軍隊。就在這時，由于副帥劉複亨在追擊中中箭受傷，攻勢減弱，而且天色已晚，元軍便停止了進攻。日本軍隊這才擺脫了元軍的追擊，迅速退往大宰府水城。
20日晚，在商讨第二天的軍事行動時，元軍将帥産生了分歧，有人對日本武士的勇猛戰鬥頗有懼意，元軍雖然取得了這次戰鬥的勝利，但死傷不少，兵疲矢盡，企圖退軍。有人則認爲戰争形勢對元軍比較有利，隻要堅持苦戰，便能攻克大宰府。最後，元帥忻都決定第二天全軍班師回國。俗話說，天有不測風雲，就在忻都做出班師回國的決定沒多久，博多灣出現了罕見的狂風暴雨。黑雲壓頂，人心不安，加上不熟悉地形，元軍兵船一片混亂，不是互相碰撞而翻，就是被大浪打沉；四周漆黑一片，落海的元軍無法相救，損失慘重。21日一早，日軍得知元軍撤退，博多海面已無元軍船隻，日本朝野對突如其來的台風趕走元軍十分驚喜，在全國範圍内展開了大規模拜神活動，稱爲“神風”。日本史書則稱之爲“文永之役”。
忻都回國後，巧妙地掩飾了遭風敗退的事情，謊報戰績，讓忽必烈誤以爲日本已經受到了應有的懲罰，必将立刻與元朝通好。因此，大賞征日有功将士，同時決定派出禮部侍郎杜世忠、兵部郎中何文著等人攜國書出使日本。
杜世忠一行人來到長門室津（今本州西南沿海山口縣），希望能經過此處關卡到達京都或鐮倉，但沒料到當地守護卻将杜世忠等人押送大宰府，然後上報幕府。北條時宗得知消息後，立刻命當地守護将元使送至鐮倉。北條時宗見到杜世忠一幹人後，既沒有接受國書，也絲毫沒有考慮其他後果，下令将杜世忠等30多人斬首于鐮倉龍口。忽必烈派去的第二批使者也遭到同樣的噩運。
1281年春天，也就是在征服南宋三年之後，忽必烈發動了第二次征日。由忻都、洪茶丘和金方慶統帥4萬人爲東路軍，由範文虎統帥10萬人爲南路軍，分别由高麗和甯波兩地出發。這年6月，東路軍兵船出現在博多灣海面，然而，忻都等将領看到的是沿海灘頭築有石壩的博多灣，在此處實施登陸困難很大，忻都派出小股部隊，經過一番偵察，這才知道志賀島和能古島防禦薄弱，未築石壩，于是命令兵船靠近志賀島下錨。因爲這個原因，元軍在無意間爲日本軍隊防禦赢得了整整一天的時間，而原本突襲博多灣的計劃也變成了正面強攻。
6月7日，東路元軍在志賀島成功登陸，然而在向前推進時遭到了日本軍隊的頑強抵抗。在狹長地帶，元軍不能發揮其集團作戰的優勢，而日本軍隊一人一騎的戰鬥方式此時有了用武之地，因而元軍傷亡很大。戰鬥進行了6天，元軍始終沒能前進一步。與此同時，由于長期在船上生活和戰鬥，蔬菜、飲水嚴重供應不足，傷者不能得到及時救治，死者不能安葬，疫病不斷發生，天天有病死者。元軍處境不妙，強攻博多灣的計劃已無法實現。6月15日，東路元軍撤離志賀島，駛向壹歧島，與範文虎的南路軍會合。
兩軍會合後，士氣大振，範文虎與忻都等相議，決定進攻太宰府。然而就在這時，一場突如其來的台風讓兩路人馬頓時陷入了絕境。這場持續了兩天的台風摧毀了元軍大部分的船隻，“士卒十喪六七”。而留在日本海島上的3萬元軍群龍無首，除一部分被俘外，其餘全都戰死。
兩次東征日本的失敗并沒有讓忽必烈放棄征服日本的念頭，1283年，這位成吉思汗的孫子下令建造船隻并且廣集糧草，準備第三次征伐日本。但是這一次遭到了江南人民的激烈反抗，隻好暫時擱置。1285年，在平定了各地反元起義後，忽必烈再次下令打造戰船，準備于次年春天出兵征日。但因大臣反對，忽必烈不得以下诏罷止征日。1294年正月，忽必烈去世，征日計劃也就束之高閣了。
雖然由于所謂“神風”的顯靈，日本阻止了元朝的進攻，但是兩次戰役也使鐮倉幕府的軍事力量和财政能力走向了衰落的邊緣。而且幕府取得勝利後，無法從外來的敵人中獲得象征征服的領地，故而無法對禦家人進行賞賜，這引起了爲赢得最終勝利而做出巨大犧牲的禦家人的強烈不滿，由此，禦家人對幕府産生了極大的不信任。加之幕府實行武士遺産的分散繼承制，很多禦家人的土地越分越小，逐漸失去了生活來源，爲生活所困，一些禦家人典賣了自己的土地，有的甚至向高利貸借款。
爲了維護幕府統治，也爲了幫助生活困頓的禦家人，1297年，鐮倉幕府頒布了“德政令”，實施了一系列的措施。包括将典賣的土地無償歸還禦家人，不予承認高利貸借條，将财産的分散繼承改爲由長子一人繼承。這些旨在改善禦家人生活的措施雖然暫時起了一些作用，但并沒有從根本上解決禦家人趨于貧困的問題，因爲他們的收入并沒有從根本上得到增加。由于新措施的實施，沒有人敢買他們的土地，也沒有人願意借款給他們，實際上，禦家人的生活并沒有好轉，而是更加貧困。幕府的統治能力和威信因此更加喪失，幕府面對着前所未有的統治危機。
與此同時，被稱爲“禦内人”的北條氏嫡系禦家人極力擴張自己的勢力，這引發了被稱爲“外樣”的一般禦家人的強烈不滿。北條時宗死後，“禦内人”代表平賴綱和“外樣”代表安達泰盛發生沖突，結果安達泰盛一族被全殲，史稱“霜月騷動”。經過這一事件，作爲鐮倉幕府統治基礎的禦家人制度開始瓦解，鐮倉幕府的統治岌岌可危。