正是夏季，複興會兩大重點工作正在有條不紊地穩步推進：一爲中興公司擴産增效，由公司兩大幹将容闳和唐廷樞主持；二爲經略江西腹地，由左七軍軍長馮桂芳主持。
吳捷留在九江，一面開始準備進攻南昌，一面花大力氣整頓吏治。吏治是否廉潔高效，關系到軍政府能否高效開展工作，必須給予十二分的重視。
九江之戰一結束，大量傷病殘軍人退伍，進入軍政府工作。自那時起，吳捷便開始以整頓吏治爲重點，掃除軍政府中的封建殘餘，建立現代政府組織。
複興會剛來九江時，對這裏人生地不熟，籌建各級軍政府時，不得不大量留用傳統官吏。
但傳統官吏爲害甚大，是滿清吏治腐敗、國力坍縮的重要原因。
十九世紀中期，朝廷爲了增加财政收入，大開捐納之門。不僅學術功名可以買賣，官職也可以買賣。随着軍功出身的官員擠壓科甲正途出身的官員，滿清吏治進一步腐敗。
例如，胡林翼雖是進士出身，在京候補日久，便捐了個知府，可以自主擇地。令人敬佩的是，他沒有選擇膏腴之地，而是主動選擇到貴州蠻荒之地，大展平生抱負。
各地民變深刻地撼動了滿清政府的根基，晚清卻仍然持續了六十多年。
原因是多方面的，例如海關收入改善财政收支狀況、洋人支持、慈禧長袖善舞等，還有一個很重要的原因：朝廷對于官員任命有着不容置疑的權威。大到軍機大臣，小到縣令，都要以清帝的名義任命，才具有合法性。
除了清帝欽命官員之外，還有爲數更巨的、不在“編制”之内的胥吏、差役。
例如，清朝一縣的文官隻有縣令、縣丞、教谕等極少數的編制，算上駐守當地的武官，有俸祿的“編制”官員不會超過十個。
若算上胥吏、差役，官吏的數量就驚人了。論胥吏，大縣有兩三千名，小縣有三四百名。論差役，浙江大縣有一千五百名差役，山東大縣有一千多名。
事實上，清廷的基層權力已被胥吏、差役把持，情況相當嚴重。
晚清時期，爲了安置官員，加之民變四起，官員任職大爲縮短。據統計，鹹豐一朝，督撫任期少于三年者，比例在80%以上。
督撫主管一省乃至數省大權，堪稱滿清最重要的地方官員。他們任職尚且如此短暫，更别提其他官員了。
胥吏、差役則是終生任職，可以繼承給子孫。他們雖然沒有地位，受到輿論歧視，卻掌握了實際的權力，賺得盆滿缽滿。
滿清監察禦史李慈銘就曾說過，滿清官員俸祿低，守法的京官窮得無法生存，衙門裏的書吏财産過億，衣食享用堪比皇帝。
康熙年間，桐城派大家方苞受文字獄株連，關入刑部大牢。方苞發現，刑部老吏私藏官印，擅自更改公文。
即便是死刑這樣需要皇帝朱筆親勾的大事，老吏亦敢暗中作手腳，買通别人代替死刑。主審官明知有此事，卻不敢上奏朝廷。
乾隆年間，大将軍福康安打敗廓爾喀，收複西藏收地，凱旋回京，受封一等公。要知道，曾國藩平定太平軍，不過受封一等侯。事後，福康安到戶部銷賬，戶部胥吏公然向福康安索賄。
胥吏的理由是：福康安賬冊太多，需要額外雇傭人手。福康安無奈，隻得賞賜胥吏兩萬兩白銀。
道光末年、鹹豐初年，曾國藩作京官，十年七遷，先後在禮部、工部、兵部、刑部、吏部擔任侍郎。侍郎是僅次于尚書的二品大員，屬于六部衙門的副官。
曾國藩在朝廷聲名鵲起，前途無量，俸祿卻很低，日子過得相當窘迫，經常借債。直到他外放作考官，照例收受學生、地方官饋贈，才還齊了債務。
到了同治年間，時任江蘇巡撫丁日昌竟然發現：江蘇的胥吏之職可以買賣，在任者可公開出售自己的職位。普通一縣的普通胥吏之職，竟然叫價白銀一萬兩！
差役也不遑多讓。胥吏多充斥衙門，把持公器。差役則經常下鄉，直接與老百姓打交道。他們利用緝捕、收糧等時機，對百姓大肆搜刮。
商人、農民、手工業者被差役盤剝得瀕臨破産，大部分錢财卻落入了各級胥吏、差役、官員的手裏，廷财政收支情況依然窘迫得很。
朝廷之所以與洋人一拍即合，情願把海關交給洋人打理，奧妙正在于此。
吏治腐敗，是滿清滅亡的重要原因。
這一慘痛教訓，吳捷一清二楚。九江之戰一結束，他便開始着手整頓吏治。
九江之戰爆發時，複興會軍政府内還保留有大量的舊式官員、胥吏、差役。戰役前期，複興會故意示弱于敵，湘軍占據上風。不少胥吏、差役蠢蠢欲動，暗自與湘軍聯絡。
尤其是差役中的巡捕，最爲可恨。九江之戰中，不少巡捕充當湘軍帶路黨。他們熟悉九江情況，給當地造成不小的禍害。
戰後，軍政府内部立馬開始調查巡捕背景，試圖清除軍政府内部的害群之馬。
忙完招商引資，吳捷便騰出手來，大力整頓吏治。他主要從三個方面着手工作：
一、建強複興會支部。
打鐵還需自身硬。滿清之所以吏治腐敗，之所以被胥吏、差役把持權力，主要還在于官員隊伍不行。
官員有能力駕馭手下的胥吏、差役，當地的吏治就會好一些。官員沒能力，吏治就相當腐敗。
晚清曾國藩曾對此深惡痛絕，力圖選拔操守清正的官員充任知縣、知府等要職。但他很快便發現，滿清官場就像一個大染缸，再好的操守都會被搞髒搞臭。
最後，連曾國藩都不得不屈服，主動遷就官場慣例。胡林翼曾因此寫信指責曾國藩，說他變得圓滑了，身上的剛正之氣沒了。
以複興會支部統攬政府權力，則可以憑借複興會強大的組織能力、自淨能力改善吏治，鞏固基層統治。
二、調整官吏組成。
經過兩年的經營，複興會對根據地掌控能力大爲增強，對傳統胥吏、差役的依賴大爲減弱。
九江實務學堂、各級公學也培養了很多新型人才，爲軍政府建立現代行政制度提供了人才方面的儲備。
在此基礎上，複興會開始調整官吏組成，将傳統意義上的官吏統稱爲“公務員”，其中官改稱爲“幹部”，吏改稱爲“辦事員”。
總體上，幹部、辦事員主要由三大群體組成：
第一群體爲轉業軍人、民兵骨幹，占據軍政府要害部門，多爲複興會會員。
第二群體爲九江實務學堂、各級公學畢業生，屬于專業人才，多從事會計、财政、治安、審判等專業性較強的事務。
第三群體爲開明紳士、舊式官員、胥吏、差役。他們作爲九江本地人代表，與傳統社會有着千絲萬縷的關系，是軍政府不可或缺的組成部分。
三、精兵簡政。
大量辭退冗餘的胥吏、差役。縣一級軍政府，區分等級，核定公務員員額。大縣所有公務員，隻保留一千員額，小縣隻保留五百個員額。
缺少的人手，從民兵中臨時動員、補充。
四、高薪養廉。
滿清官員腐敗，與俸祿太低不無關系。雍正以前，從一品的總督年俸僅有180兩白銀。這180兩銀子要養活總督一家子人、仆役、幕僚，完全就是杯水車薪。
爲此，官員又巧立名目，想方設法增收，在俸祿之外增加恩祿、養廉銀等。如左宗棠擔任陝甘總督時，每年養廉銀就有三十萬兩白銀。
複興會組織軍政府，引入現代預算、決算制度，政府各項開支都列有會計科目，各級公務員無需再“花私錢辦公事”。
同時，大幅度提高公務員的收入。例如，軍政府會計一職非常重要，月薪可達五兩銀子，足夠養活一家人。