科學院講學的地方暫設于崇祯朝國子監内，不過如今的國子監已經更名爲“京師大學堂”，在這兒讀書的大多數是原來長沙大學堂的學生，也有一部分是今年科考收錄的“貢士”。
和京師大學堂一門之隔的就是以前孔廟所在，不過如今的“孔廟”已經不叫孔廟，而是叫作“文廟”。
最開始的時候，有人提出了拆除孔廟的建議，認爲大興軍無論得國還是治國，都與孔子代表的“儒家”沒有多大關系，而且孔子的直系後人——前明崇祯朝衍聖公孔胤植屈膝降清，在文人士子中起了非常壞的帶頭作用，因此他們堅決反對尊孔崇儒，要求漢王下令拆除孔廟。
但反對者則認爲孔廟是整個中華文化的象征，而不單單是孔家一家的事情，若是拆除了孔廟，中華禮儀之邦更是沒了信仰。
衆大臣經過了幾日辯論，卻仍然誰也說服不了誰，但提出拆除者的明顯占了上風，因爲他們的理由更爲充足——孔子後人奴顔媚骨，沒有氣節，不能代表中華禮儀文化。
自漢唐以來，孔子的嫡系後裔一直受朝廷封賞不斷，直至宋朝封孔子後人爲世襲罔替的“衍聖公”，并出資修建了規模僅次于皇宮的曲阜孔府之後，孔家才确立起了“中華第一家”的地位。
老趙家對孔家可以說不是一般的好，但靖康之恥後趙宋被金人趕到南方，孔府便立即派出孔端操向金朝大表忠心，繼續受封衍聖公。
數十年後，蒙古興起，覆滅金夷，在衍聖公孔元用的率領下，孔府審時度勢，又毫不猶豫地倒向了忽必烈。爲表孔氏效忠之心，孔元用親率族人加入元軍，清剿漢人“反賊”，“不幸”死于軍中。
孔元用死後，孔元措一系乘機奪權，孔家内部爲了衍聖公稱号展開了争奪，孔元措的子侄們爲了能争奪到“衍聖公”的頭銜，全都跑到忽必烈面前邀功争寵，忽必烈看着孔子後人們的這番醜态，哈哈大笑着回應道：“爾等皆回，務要竭力苦讀，若果有才華，朕方能封官”。
“衍聖公”之争持續數代，最後蒙元仁宗判孔元措一系爲正溯，孔元用一系徹底敗北，孔府派人觐見忽必烈，跪請他爲“儒教大宗師”。
神州陸沉，漢人成了四等人做了亡國奴，孔家卻反而受寵，依然是享受榮華富貴。
明太祖朱元璋起兵反元建立明朝，孔家再一次及時倒戈，衍聖公親自進京觐見朱元璋。朱元璋雖然鄙視孔家的“氣節”，但也深知孔子這塊招牌對維護統治的妙用，故而繼續封其爲“衍聖公”。
明中期以後，對孔子的尊崇到了頂點，衍聖公官爵也從四品升爲一品，爲當時文官之首。孔家享有免賦稅、免徭役的特權，而且“曲阜知縣，孔家世職”，連曲阜縣令都是世襲，實際上，朝廷将整個曲阜縣都封賞給了孔家。
崇祯朝時孔府衍聖公孔胤植更是被加封爲太子太保和太子太傅，可謂是“君恩重如山”。
然而，孔家人是天生的軟骨頭。崇祯末年闖王李自成大軍攻進山東，雖然離曲阜還很遠，但孔府立即令人供奉大順國永昌皇帝龍位，并獻馬獻銀，跪納印信。
可是沒過多久，滿清又入關了。
崇祯十七年，福臨在燕京登基稱帝，而被崇祯帝冊封的第六十四代衍聖公孔胤植立即便在第二天上書清廷稱臣。
他在上給順治的《初進表文》中，不顧廉恥地谀頌鞑子“承天禦極，以德綏民”、“六宇共戴神君”、“八荒鹹歌聖帝”、“山河與日月交輝”、“國祚同者韓并永”，還誠惶誠恐地自稱“臣等阙裏堅儒，章健微末，曩承列代殊恩，今慶新朝盛治，瞻學之崇隆，趨距恐後”雲雲。
這真是無恥到了極點！令中華文人儒士爲之蒙羞！
這還沒完，不久清廷頒布《剃發令》，江陰、嘉定、揚州等地到處是甯願斷頭也不剃發的百姓。反倒是孔府大擺香案，舉行了隆重的剃發儀式，令族人剃發易服。
大興軍收複南京時，孔胤植已經死去，“衍聖公”一爵由其子孔興燮承襲，孔興燮派人到南京上表請降，李元利不爲所動，連見都沒有見孔府來人。
九月，大興軍進山東曲阜，依法例沒收孔家曆代朝廷賞賜以及巧取豪奪而來的數千頃良田，并以“賣國罪”殺了孔興燮，孔家後人全部被貶爲平民并遷出孔府，分散遷往雲貴廣西煙瘴之地，世襲“衍聖公”就此斷絕。
若是在其它時候，此舉必定會引得天下士人口誅筆伐。但這個時候，有氣節的讀書人都被鞑子殺了個七七八八，剩下來的也都對孔家降清大爲鄙視不滿，而那些無骨氣降清的文人又都是大興軍清算誅殺的對象，因此孔家被清算，竟然沒有引起一點風波。
“拆廟派”理由充足，堅持要拆掉孔廟，“反對派”逐漸支持不住，但在這個時候，李元利卻站出來說了一個折衷之法：不拆孔廟，但将之改爲文廟。
孔廟原本就又被稱爲文廟，裏面供奉的也不止孔子一人，還有數十位他的門人弟子及其他先賢先儒，将其拆除确實不妥，改爲文廟而不獨尊孔是最好的辦法。
孔廟改名之後，李元利又令人将其中供奉的孔子門人弟子全部拆去，儒家隻留孔子一人，另外再加上莊子、孟子、荀子、墨子、孫子、管子、韓非子、鬼谷子等諸子，以示他對諸子百家一視同仁，并不獨尊儒家。
事實上，現在的京師大學堂中儒學也隻是其中的一門學科，而且大興軍的科舉制度，專研儒學的學子也沒有任何優勢。
滿腹詩書的文人并不一定适合做官，也不一定能夠治理好地方和國家。
但儒學在京師大學堂中規模仍然是最大的，一是其他學科開創的時間短，沒有多少合适的人才，二是李元利準備發揮中華禮儀文化的優勢，培養出大量的儒學人才出來，日後好派往朝鮮、倭國、安南等處，教化四夷百姓。
或者有心向中華的四夷士子，也可以将他們招進京師大學堂的儒學中來。
此舉也并非李元利首創，前明從洪武三年起，南京國子監便開始招收外國留學生，到明末之時，朝鮮、倭國、琉球諸夷已經有許多人來南京國子監留學。